Evercode™ スプリット-プール方式コンビナトリアル・バーコード・テクノロジー
は、シングルセルプロジェクトを数百万規模の細胞や核へスケールアップする
ことが可能。個々の細胞を分離することなく、個々の細胞をユニークにラベル
する技術の詳細を見る。
すべては Evercode™ スプリット-プール方式コンビナトリアル・バーコード・テクノロジー から始まる。この
独自技術により、分子を細胞特異的な組み合わせのバーコードでラベルすることが可能になる。
細胞を固定・透過処理し、それ自体を反応容器とし利用することで、ドロップレットやマイクロウェルによる
細胞の個別捕捉が不要になる。スプリット-プール方式
のバーコーディングは、膨大な数のバーコードの組み合わせを適用し、他の技術を超えたスケールアップを実現する。異なる日に収集した最大100万細胞の並行処理が可能。ラボの可能性を最大限に引き出す。
スプリットサンプルをウェルに分注し、固定化した細胞または核に対して、最初のサンプル特異的バーコードを適用。細胞内逆転写(RT)反応を実施。
プール各ウェルの細胞をまとめてプール。
スプリット細胞または核をプレート上に分注し、細胞内ライゲーションにより2つ目のバーコードを付加。
プール各ウェルの細胞をまとめてプール。
スプリット細胞または核をプレート上に分注した後、細胞内ライゲーションにより3つ目のバーコードを付加。
プール各ウェルの細胞をまとめてプール。
スプリットプールされた細胞を複数のサブライブラリーに分配。細胞を溶解し、PCR により4つ目のサブライブラリー特異的バーコードを付加。
スプリットライブラリー調製の過程でアダプターを付加し、あらゆる次世代シーケンサーへのロードが可能な状態に準備。
細胞や核を固定し、生物学的情報を保持したまま実験の準備を進める。経時的な変化を検討する
研究では、異なる日に収集したサンプルを同時に解析することで、不確実性を低減し、
バッチエフェクトを排除する。
固定により生物学的情報を保持し、柔軟なワーク
フローを実現。新鮮なサンプルと6か月間保存した
同一サンプルを比較し、固定の安定性とアッセイ
の再現性を検証(Evercode™ WT v1 の結果)。
より多くのサンプルを処理し、シーケンスの負担を軽減する。
ドロップレット法を上回る遺伝子・転写産物の検出性能で、
生物学的をさらに深く解析する。Evercode™ コンビナトリア
ル・バーコード・テクノロジーが個々の細胞内で高度に並列に
機能し、実験規模に関わらず比類なきデータ品質を実現する。
Evercode WT v2 は、マウス脳サンプルにおいて、Chromium Next GEM Single Cell 3’
Kit v3.1 と比較し、共通のリードデプス(20,000リード/細胞)で平均84%多くの
遺伝子を検出した。
すべてのキットにデータ解析パッケージを標準搭載。シーケンスデータ
をわかりやすい結果に変換。データ品質の評価、サンプル間の違いの
特定、関心のある遺伝子の解析が可能。Seurat や Scanpy などの人気ツールにもシームレスにデータをアップロード。インタラクティブなウェブレポートにより、誰でも簡単にデータを閲覧し、共同研究者と
結果を共有可能。